NicheCompass - пакет для анализа пространственных мультиомных данных (spatial multi-omics) с акцентом на выявление «нишевых» клеточных сообществ и межклеточных коммуникаций. Он позволяет строить пространственный атлас тканей, определять, какие типы клеток находятся рядом и как они взаимодействуют, и создавать визуализации на основе графовых и эмбеддинговых методов.

Особенности библиотеки:

• Поддерживает Python 3, пакет опубликован на PyPI: версия 0.3.0 на 7 августа 2025.
• Использует фреймворки для графовых данных (например, PyG) и AnnData — удобно, если работаешь с биоинформатикой или анализом клеточных микросред.

Установить:

pip install nichecompass

Документация тут - https://pypi.org/project/nichecompass/