const getUser = async (request: FastifyRequest, reply: FastifyReply) => {
  try {
    const userId = (request.user as { id: string }).id;
    const user = await userService.findOneByUserId(userId);
    reply.status(200).send(user);
  } catch (err) {
    throw new Error("Пользователь с указанным id не найден");
  }
};

В принципе в этом же коде и кроется ответ: (const userId = (request.user as { id: string }).id), явно указать что в request.user всегда будет id: string.

Я также нашел обсуждение на github на эту тему - ссылочка, хотя проблема старая, судя по всему один хер она почему-то нормально не фиксится.

Надеюсь это кому-то поможет